ในการประชุมคณะบาทหลวงที่มีบทบาทภายใน The Holy See ซึ่งจัดขึ้นในนครรัฐวาติกันเมื่อ 1 ตุลาคม 2024 โป๊ปฟรานซิสย้ำว่าคริสตจักรจะต้องยอมรับในความผิดบาปของตัวเอง พร้อมบอกให้คณะพระคาร์ดินัลที่เข้าร่วมประชุมเป็นแกนนำกล่าวขออภัยเพื่อแก้บาป

สิ่งที่โป๊ปฟรานซิสระบุว่าเป็น ‘บาปของพวกเรา’ (our sins) รวมทั้งหมด 7 ข้อ ได้แก่ การล่วงละเมิด การขาดความกล้าหาญและความมุ่งมั่นในสันติภาพ การขาดความเคารพต่อมนุษยชาติโดยถ้วนหน้ากัน การปฏิบัติอย่างไม่เหมาะสมต่อผู้หญิงและไม่ตระหนักรู้ถึงความสามารถและการอุทิศตนของผู้หญิง การใช้คำสอนในคริสตจักรเป็นอาวุธทำร้ายผู้อื่น การเพิกเฉยต่อปัญหาความยากจน และความล้มเหลวในการส่งเสริมศักดิ์ศรีหรือบทบาทของคริสตศาสนิกชน

จะเห็นได้ว่า ‘การล่วงละเมิด’ เป็นเรื่องที่โป๊ปฟรานซิสกล่าวถึงเป็นอันดับแรก เพราะก่อนโป๊ปฟรานซิสจะได้รับเลือกมารับตำแหน่งประมุขคริสตจักรโรมันคาทอลิกในปี 2013 เรื่องอื้อฉาวที่นักบวชและบาทหลวงของคริสตจักรโรมันคาทอลิกก่อเหตุล่วงละเมิดทางเพศเด็ก เยาวชน รวมถึงผู้หญิง ได้ถูกตีแผ่เป็นเรื่องราวใหญ่โตไปทั่วโลกนานแล้ว

โป๊ปฟรานซิสสวดรำลึกถึงเหยื่อที่ถูกคริสตจักรล่วงละเมิดระหว่างเสด็จเยือนไอร์แลนด์ ปี 2018

ตั้งแต่ปี 2002 สำนักข่าว Boston Globe ในสหรัฐอเมริกาได้ตีแผ่การล่วงละเมิดทางเพศเด็กและเยาวชนราว 89 คน โดย จอห์น โจแกน (John Geoghan) นักบวชคนหนึ่งของคริสตจักร ซึ่งได้รับการแต่งตั้งให้เป็นคณะผู้บริหารสังฆมณฑลในสหรัฐฯ และต่อมาเรื่องนี้ก็ได้กลายเป็นแรงบันดาลใจในการสร้างภาพยนตร์เรื่อง Spotlight ที่มีประเด็นหลักเกี่ยวกับการทำงานเชิงสืบสวนสอบสวนของสื่อมวลชน

การเปิดโปงของสื่ออเมริกันไม่ได้พูดถึงการก่อเหตุของนักบวชจอแกนคนเดียว แต่ยังเปิดโปงเงื่อนงำภายในคริสตจักรโรมันคาทอลิกที่พยายามปกปิดความผิดของผู้ก่อเหตุ แต่กลับเพิกเฉยต่อการร้องเรียนของผู้เสียหาย จนนำไปสู่การตั้งคำถามและสอบสวนเพิ่มเติมว่ามีการปกปิดเหตุล่วงละเมิดแบบเดียวกันนี้ในสังฆมณฑลอื่นๆ ของคริสตจักรด้วยหรือไม่ 

หลังจากนั้นก็มีรายงานการล่วงละเมิดทางเพศที่ก่อเหตุโดยผู้ดำรงตำแหน่งหรือมีบทบาทในคริสตจักรโรมันคาทอลิกทั่วโลกก็ทยอยเผยแพร่ออกมา ผ่านสื่อมวลชนและองค์กรที่ให้ความช่วยเหลือแก่ผู้เสียหายในคดีทางเพศ ทั้งในไอร์แลนด์ ฝรั่งเศส เบลเยียม ชิลี โดยผู้ถูกกล่าวหาว่าก่อเหตุละเมิดทางเพศมีตั้งแต่นักบวชไปจนถึงบาทหลวงระดับสูง คริสตจักรโรมันคาทอลิกจึงถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างหนักว่า ‘หมกเม็ด’ ปล่อยปละละเลยในการกำกับดูแลกันเองจนกลายเป็นเนื้อร้ายภายใน

เมื่อเข้ารับตำแหน่งประมุขคริสตจักรฯ ได้ไม่นาน โป๊ปฟรานซิสก็ประกาศว่าจะแก้ไขความผิดพลาดในอดีตของคริสตจักร และระบุว่าการขออภัย-ชดเชยเยียวยาผู้เสียหายคือภารกิจหลักของตัวเอง 

อย่างไรก็ดี เครือข่ายผู้เสียหายและครอบครัวผู้เสียหายบางส่วนระบุว่า กระบวนการรับเรื่องร้องเรียนของคริสตจักรยังล่าช้า การตอบกลับไปยังผู้ร้องเรียนก็ไม่เป็นไปตามกรอบเวลาที่กำหนด แถมยังมีกรณีที่ผู้ก่อเหตุถูกตัดสินความผิดแล้ว แต่กลับไม่มีการดำเนินการเรื่องชดเชยเยียวยาอย่างที่ควรจะเป็น 

นอกจากนี้ แม้จะมีแนวคิดปฏิรูป แต่โป๊ปฟรานซิสก็เคยถูกวิพากษ์วิจารณ์หลังให้สัมภาษณ์ปกป้อง ‘คนสนิท’ อย่าง บิชอป ฆวน บารอส (Juan Baros) แห่งชิลี และ พระคาร์ดินัล จอร์จ เพลล์ (George Pell) อดีตที่ปรึกษาส่วนตัว และในเวลาต่อมาบุคคลดังกล่าวก็ถูกดำเนินคดีในข้อหาละเมิดทางเพศและถูกปลดจากตำแหน่ง 

คาร์ดินัล จอร์จ เพลล์ 

แม้โป๊ปฟรานซิสจะกล่าวขออภัยเรื่องนี้ในภายหลัง แต่สิ่งที่เกิดขึ้นก็เป็นหนึ่งในรอยตำหนิจางๆ ระหว่างการดำรงตำแหน่งของพระองค์เช่นกัน และในปัจจุบันก็มีอีกหลายคดีความที่ยังไม่สิ้นสุดขณะที่โป๊ปฟรานซิสได้จากไปแล้ว

แต่ประเด็นหนึ่งซึ่งโป๊ปฟรานซิสบอกว่า ‘เลวร้ายยิ่งกว่าบาป’ (worse than sins) คือการทุจริตฉ้อโกงซึ่งเกี่ยวพันกับคดีทุจริตฟอกเงินของธนาคารวาติกัน หรือ ‘สถาบันเพื่อกิจการศาสนา’ (Institute for Works of Religion: IOR) 

เว็บไซต์ Investopia รายงานว่าในปี 2019 โป๊ปฟรานซิสได้มอบหมายให้ พระคาร์ดินัล ไรน์ฮาร์ด มาร์กซ์ (Reinhard Marx) ดูแลเรื่องการตรวจสอบธนาคารวาติกันซึ่งประสบภาวะขาดดุลต่อเนื่องหลายสิบปีหลังการก่อตั้งธนาคารในปี 1984 เป็นเงินกว่า 18.4 ล้านดอลลาร์ ทั้งที่วาติกันมีรายได้มหาศาลจากหลายช่องทาง ไม่ว่าจะเป็นค่าเข้าชมพิพิธภัณฑ์ การบริจาคเงินจากคริสต์ศาสนิกชนและสังฆมณฑลทั่วโลก รวมถึงการลงทุนในกองทุนและกิจการต่างๆ ในอิตาลีและต่างประเทศ

ผลการสอบสวนที่เผยแพร่ในปี 2020 บ่งชี้ว่า ผู้บริหารระดับสูงของธนาคารวาติกันหลายรายพัวพันการทุจริตยักยอกเงินเข้ากระเป๋าตัวเองผ่านการลงทุนในธุรกิจอสังหาริมทรัพย์ย่านเชลซีของกรุงลอนดอนในสหราชอาณาจักร ทั้งยังมีการโยกย้ายเงินไปลงทุนในบริษัทนอมินีต่างประเทศ ซึ่งอาจเข้าข่ายการฟอกเงินให้แก๊งมาเฟีย  

แต่สิ่งที่กลายเป็นคดีความระหว่างประเทศคือ กรณีที่องค์กรการกุศลในเปรู Sodalitium Christiane Vitae (SCV) ซึ่งคณะบาทหลวงของคริสตจักรเป็นผู้บริหาร ถูกกล่าวหาว่าฉวยโอกาสหาผลประโยชน์ส่วนตัวจากเงื่อนไขยกเว้นภาษีแก่กิจการของคริสตจักรโรมันคาทอลิก ตามสนธิสัญญาลาเตรัน (Lateran Agreement) ที่มีผลบังคับใช้ตั้งแต่ปี 1929 เพื่อรับรองเอกราชและอธิปไตยของนครรัฐวาติกัน 

คณะบาทหลวงและผู้บริหารของ SCV ถูกกล่าวหาว่า ใช้วิธีการมิชอบกดดันและข่มขู่ให้เกษตรกรในเปรูขายที่ดินเพื่อให้คริสตจักรนำไปจัดสรรเป็นสุสานรวมกว่า 30 แห่ง แต่ในขณะเดียวกันกลับนำเงินส่วนต่างจากการซื้อขายที่ดินไปลงทุนในบริษัทนอมินีในสหรัฐฯ ซึ่งก่อนโป๊ปฟรานซิสจะสิ้นพระชนม์เพียง 1 วัน พระองค์ได้เปิดโอกาสให้ เจ.ดี. แวนซ์ รองประธานาธิบดีสหรัฐฯ เข้าพบ และมีการพูดคุยเรื่องการไต่สวนดำเนินคดีแก่ผู้เกี่ยวข้องในคดีการเงินระหว่างวาติกัน เปรู และสหรัฐฯ 

คดีธุรกรรมการเงินของวาติกันอาจไม่ได้ถูกพูดถึงมากเท่าคดีล่วงละเมิดทางเพศ แต่ถ้าดูจากการดำเนินงานอย่างเป็นระบบขององค์กรภายใต้ร่มคริสตจักร จะเห็นได้ว่า การทุจริตฉ้อโกงและฟอกเงินเหล่านี้เกิดจากความร่วมมือที่โยงใยเป็นเครือข่ายข้ามชาติและร้ายแรงซึ่งยากจะตรวจสอบ ทั้งยังมีเงื่อนไขที่แตกต่างทางกฎหมายด้านการเงิน ทำให้มีโอกาสสูงมากที่ผู้ก่อเหตุจะลอยนวลพ้นผิด และเงินที่ถูกฉ้อโกงก็อาจจะทวงคืนมาไม่ได้ด้วย

สื่อหลายสำนักพูดถึงตัวเก็งหลายคนที่อาจได้รับเลือกเป็นโป๊ปพระองค์ใหม่แทนโป๊ปฟรานซิส เพราะการคัดสรรโป๊ปครั้งนี้อาจสร้างหมุดหมายใหม่ๆ ทางประวัติศาสตร์ต่อจากการที่โป๊ปฟรานซิสเป็นโป๊ปจากลาตินอเมริกาพระองค์แรกในรอบหลายร้อยปี